สถานวิจัยความขัดแย้งและความหลากหลายทางวัฒนธรรมภาคใต้กำเนิดขึ้นในปี พ.ศ. 2551 โดยเป็นสถาบันที่จัดตั้งขึ้นโดยที่ประชุมคณบดีและรับรองโดยสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เพื่อให้เกิดการพัฒนางานวิจัยเกี่ยวกับปัญหาความขัดแย้งและความหลากหลายทางวัฒนธรรมในภาคใต้ ในแบบสหสาขาวิชา (interdisciplinary) หลักการสำคัญก็คือนักวิชาการทางสังคมศาสตร์ มนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ (รวมทั้งวิทยาศาสตร์ประยุกต์ในสาขาที่เกี่ยวพันกับคนและสังคม) จะต้องร่วมกันในการผลิตงานวิชาการเพื่อเป็นองค์ความรู้สนับสนุน หรือหนุนช่วยกลไกในการแก้ปัญหาความขัดแย้งและความรุนแรงในจังหวัดชายแดนภาคใต้

            ต่อมาพัฒนาการของ CSCD ในช่วง 10 ที่ผ่านมาได้ผ่านกระบวนการทำงานประสานทั้งสามด้านคือเครือข่ายทางวิชาการ/การวิจัย เครือข่ายภาคประชาสังคมในพื้นที่และเครือข่ายการสื่อสารและสื่อทางเลือก/สื่อใหม่ โดยทำงานร่วมกับศูนย์เฝ้าระวังสถานการณ์ภาคใต้ (Deep South Watch) จนได้พัฒนามาเป็นตัวแบบการทำงานขับเคลื่อนงานทางวิชาการ ภาคประชาสังคมและพื้นที่การสื่อสารซึ่งกลายเป็นลักษณะพิเศษของสถานวิจัยความขัดแย้งและความหลากหลายทางวัฒนธรรมภาคใต้ซึ่งขับเคลื่อนวาระสังคมและการสร้างสันติภาพด้วยองค์ความรู้

            ในปัจจุบัน (2563) มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์มีนโยบายที่จะเสริมสร้างการประสานพลังองค์กร (Organizational Synergy) ของสถานวิจัยความขัดแย้งและความหลากหลายทางวัฒนธรรมภาคใต้ (Center for Conflict Studies and Cultural Diversity) แห่งวิทยาเขตปัตตานีและสถาบันสันติศึกษา (Institute for Peace Studies) แห่งวิทยาเขตหาดใหญ่ให้เข้มแข็งยิ่งขึ้น  จึงได้ยกระดับสถานภาพของสถานวิจัยความขัดแย้งและความหลากหลายทางวัฒนธรรมภาคใต้ให้เป็นส่วนหนึ่งของสถาบันสันติศึกษาซึ่งมีฐานะเทียบเท่ากับคณะวิชาในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์