การเปลี่ยนแปลงทางสังคมที่เกิดขึ้นตลอดระยะเวลากว่าค่อนทศวรรษในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ก่อให้เกิดปัญหาความขัดแย้ง ความไม่เข้าใจ ความไม่เชื่อใจของคณะบุคคลที่เกี่ยวข้องในฝ่ายต่างๆ ส่งผลให้เกิดปัญหาความรุนแรงในพื้นที่ชายแดนภาคใต้อย่างต่อเนื่อง สถาบันสันติศึกษา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ที่มีบทบาทหลักในด้านการจัดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรีและระดับบัณฑิตศึกษานั้น มีการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาความขัดแย้งและสันติศึกษาขึ้นตั้งแต่ปีการศึกษา 2551 เป็นต้นมา ได้เล็งเห็นถึงความสำคัญของการแก้ไขปัญหาความขัดแย้งดังกล่าวที่เกิดขึ้นยืดเยื้อและยาวนาน สถาบันสันติศึกษาร่วมกับสำนักวิจัยและพัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จึงได้จัดตั้งหน่วยวิจัย: สันติศึกษาเพื่อการพัฒนาในภาคใต้ ขึ้นระหว่างวันที่ 17 กรกฎาคม 2556 ถึง วันที่ 16 กรกฎาคม 2559 ขึ้น เพื่อสนับสนุนงานวิชาการและงานวิจัยของคณาจารย์และนักศึกษาของสถาบันสันติศึกษาและผู้สนใจอื่น ๆ ทั้งทางด้านรัฐศาสตร์ รัฐประศาสนศาสตร์ สังคมศาสตร์ สันติศึกษาและความขัดแย้ง พร้อมทั้งให้หน่วยวิจัยเป็นแหล่งเรียนรู้ในการทำวิจัย จัดกิจกรรมเสริมหลักสูตรและกิจกรรมบริการวิชาการแก่สังคมใน หัวข้อดังกล่าว เพื่อนำไปประยุกต์ใช้ในการแก้ปัญหาต่อไป

          สถาบันสันติศึกษา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เป็นองค์กรทางวิชาการองค์กรหนึ่งที่มีส่วนร่วมรับผิดชอบสังคม มีการพัฒนาองค์ความรู้และทรัพยากรมนุษย์ด้านสันติวิธีเพื่อการแก้ปัญหาความขัดแย้งและประสานความเข้าใจในสังคมให้เกิดสันติสุขในพื้นที่ภาคใต้ จึงต้องพัฒนางานวิจัยและกิจกรรมพัฒนาโครงการวิชาการต่างๆ อย่างต่อเนื่อง อีกทั้งสถาบันสันติศึกษายังมีแผนจัดตั้งวิทยาลัยสหวิทยาการเพื่อสันติศึกษาเพื่อให้สามารถตอบสนองต่อสถานการณ์ความขัดแย้งในมิติต่างๆ ที่เกิดขึ้นในสังคมไทย ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ และภูมิภาคอื่นๆ ของโลก ทั้งในปัจจุบันและอนาคต ดังนั้นเพื่อให้สถาบันสันติศึกษาสามารถเตรียมความพร้อมในการรองรับผลงานวิชาการของคณาจารย์และนักศึกษาที่เพิ่มขึ้นจากแผนการจัดตั้งวิทยาลัยฯ ในอนาคต รวมไปถึงพัฒนาองค์ความรู้ทั้งทางด้านรัฐศาสตร์ รัฐประศาสนศาสตร์ สังคมศาสตร์ เศรษฐศาสตร์ ทรัพยากรธรรมชาติ สิทธิชุมชน ประวัติศาสตร์ ศาสนา สันติศึกษาและความขัดแย้ง ให้เท่าทันต่อสถานการณ์ความขัดแย้งที่จะมีความซับซ้อนและหลากหลายยิ่งขึ้นในอนาคต และเพื่อไม่ให้การพัฒนาผลงานวิจัยและผลงานวิชาการที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องของคณาจารย์และนักวิจัย ตลอดระยะเวลาการดำเนินงานของหน่วยวิจัยสันติศึกษาเพื่อการพัฒนาในภาคใต้ ต้องสูญเปล่าหรือต้องหยุดชะงักลง จึงจำเป็นที่จะต้องจัดทำโครงการจัดตั้งหน่วยวิจัยสันติศึกษาเพื่อการพัฒนาภาคใต้ ขึ้นใหม่เพื่อทำหน้าที่เป็นหน่วยงานหลักในการรับผิดชอบกิจกรรมและพัฒนาผลงานองค์ความรู้ที่สมาชิกประจำหน่วยวิจัยสันติศึกษาเพื่อการพัฒนาภาคใต้ได้สรรสร้างขึ้นให้มีความต่อเนื่องสืบไป